A nivel institucional, los académicos que laboran en el Programa Interdisciplinario de Investigación y Gestión del Agua (PRIGA), en Comunidad Epistémica del Agua y en la Red para la Gestión de los Recursos Hídricos de la UNA. Además, desarrollan actividades académicas con enfoque interdisciplinario con investigadores del Instituto de Estudios Sociales en Población (IDESPO), Instituto Regional de Estudios en Sustancias Tóxicas de la Universidad Nacional (IRET), Escuela de Química y Escuela de Historia, en temas de calidad de agua superficial, agua subterránea, gestión de los recursos hídricos, saneamiento ambiental, percepción y conocimiento de la población en cuanto la gestión y estado actual de los recursos hídricos, entre otros.
A nivel nacional, los académicos adscritos al Laboratorio continúan trabajando con las comunidades y grupos meta vinculados al recurso hídrico, en procesos de gestión participativa, educación no formal y capacitaciones. El LHA mantiene un trabajo conjunto con las ASADAS de Heredia y Alajuela, acueductos municipales y la ESPH. Todos estos acueductos, que captan agua de los acuíferos Barva y Colima, se encuentran participando en la creación de una base de datos común, alimentada con los resultados de análisis fisico-químicos para la interpretación de las tendencias espacio-temporales en la calidad del agua subterránea por parte de los académicos de este Laboratorio.
Además, se mantienen vínculos estrechos con el Instituto Costarricense de Acueductos y Alcantarillados (ICAA), a través de la elaboración del Instrumento Unificado para la Evaluación de ASADAS, el cual está siendo aplicado actualmente por esta institución; también, a través de la elaboración del PSA en acueductos rurales y municipales, como en el caso del PSA en el acueducto de la ciudad de Jacó y el de la ASADA de San José de la Montaña. También, se coordinan acciones para la protección de la calidad del agua subterránea con el Servicio Nacional de Aguas Suberráneas, Riego y Avenamiento (SENARA) y con la Federación de Municipalidades de Heredia.
Hacia el exterior del país, el LHA mantiene vínculos con el Organismo Internacional de Energía Atómica y con académicos de la Universidad de Málaga (UMA), como un apoyo a las actividades de investigación y gestión del recurso hídrico.
También se realizan procesos de fortalecimiento participativos y colectivos hacia la sociedad en diversos temas de agua, generando alianzas con otras instituciones y actores, tanto para intercambio de saberes, como de capacidades técnicas y apoyos. Específicamente, se fomentan las capacidades de los Observatorios Ciudadanos del Agua, en convenio con la Alianza Nacional de Ríos y Cuencas. Esto permite empoderar a grupos de actores clave de las comunidades sobre las acciones para promover la gestión integrada y sostenible del recurso hídrico y del ambiente, además de socializar el quehacer del trabajo interdisciplinarios de la UNA en el tema de agua, objetivos principales del trabajo conjunto entre la Alianza Nacional Ríos y Cuencas de Costa Rica y la UNA.