Solicitud
1.El usuario deberá enviar completo el ”Formulario de Secuenciación” a la dirección
2.Las muestras serán entregadas de forma presencial en las instalaciones del Laboratorio de Análisis Genómico, las cuáles se entregarán junto con una alícuota de los primers a utilizar a una concentración de uso de 3.2µM.
3.Las muestras al igual que los primers deben entregarse en microtubos 1.5 ml de tapa plana, debidamente etiquetado, acorde con el formulario de solicitud entregado.
Preparación y entrega de muestras
1.La muestra (PCR o producto clonado) deberá ir en un tubo de 1.5 ml de tapa plana. El nombre irá rotulado en la parte lateral del tubo, sin rotulaciones en la tapa.
2.Se deberá entregar un volumen de muestra de al menos 50µl.
3.Las muestras que se reciben deben indicar si están o no purificadas y debidamente cuantificadas, de lo contrario, deberán ser purificadas y/o cuantificadas con un costo adicional a la tarifa de secuenciación.
4.Estará bajo la responsabilidad del solicitante: optimizar la PCR, purificar y cuantificar el ADN que desee secuenciar. En caso requerido, puede pedir asesoría en el laboratorio, para ello deberá solicitar previamente una cita, y/o solicitar la colaboración vía correo electrónico.
5.Para la purificación de productos amplificados mediante PCR o alguna de sus variantes, se recomienda el uso ExoSAP- Express, o una purificación etanol-acetato de sodio para la obtención de secuencias con una mejor calidad.
6.Para la purificación de plásmidos se pueden utilizar kits comerciales o precipitación con PEG.
7.Es relevante, que el solicitante haga entrega de un producto de PCR o de ADN, íntegro, libre de contaminantes, ya que esto constituye un paso crítico en la optimización de la reacción de secuenciación, los datos de la pureza de la muestra a analizar son brindados por el solicitante en la plantilla de solicitud (ver documento adjunto).
8.Se le solicita al usuario, que envíe a la dirección electrónica
9.Además de la muestra, se debe entregar un tubo con el par de primers (forward y reverse) empleados en su muestra, con una concentración de 3,2 uM.
10.Los productos amplificados se deben entregar en la siguiente concentración, para una corrida en el analizador genético:
- Producto de PCR: entregar un volumen de 50 µl a una concentración de 50 ng/µl.
- Producto de PCR sin purificar: entregar un volumen de 50µl a una concentración de 100 ng/µl.
- Plásmido: entregar un volumen de 10µl a una concentración de 100 ng/µl.
Si las muestras del solicitante no se encuentran en esta concentración puede consultar si es posible realizar el proceso, ya que en ocasiones es posible amplificar secuencias cuyos PCR se encuentran a una concentración distinta a la descrita anteriormente.
Envío de resultados
1.Una vez finalizado el análisis, el Laboratorio de Análisis Genómico enviará un correo electrónico indicando la finalización de este, además se le enviarán los resultados vía email. En caso de que el solicitante requiera personalmente un análisis de los resultados, se recomienda hacer la solicitud previa al correo
2.Los resultados de las secuencias se entregarán en un tiempo promedio de 5 días hábiles si la reacción se prepara en el laboratorio. En el caso de que se entreguen las muestras ya listas para cargar en el analizador genético, los resultados se entregarán en máximo 3 días hábiles, lo cual puede variar de acuerdo con la demanda.
3.Los resultados se enviarán por correo electrónico comprimidos en formato ".zip" bajo la extensión “.ab1". Los resultados se envían como archivos adjuntos por email a la dirección de correo electrónico especificada por el usuario en la hoja de solicitud.
4.Se recomienda que el usuario descargue algún tipo programa libre para visualizar los resultados.
ANÁLISIS DE FRAGMENTOS
Solicitud
1.El usuario deberá enviar completo el "Formulario de Análisis de fragmentos" a la dirección
2.Las muestras serán entregadas de forma presencial en las instalaciones del Laboratorio de Análisis Genómico.
3.Las muestras por PCR marcadas deben entregarse debidamente etiquetadas, acorde con el formulario de solicitud entregado, en tubos de 0.2 ml o en una placa de secuenciación, protegidos contra la luz, de tapa plana y sin ningún tipo de escritura o leyenda en la tapa.
4.El laboratorio cuenta únicamente con el dye set DS-33 recomendado para la química 5-dye y el estándar GeneScan™ 600 LIZ; cuyo rango de tamaño es entre los 20-600bp.
5.Una vez finalizado el experimento, el Laboratorio de Análisis Genómico enviará un correo electrónico indicando la finalización de este, además se le enviarán los resultados vía email.
Preparación y entrega de muestras
1.La muestra deberá ir en un tubo de 1.5 ml rotulado en la parte lateral del tubo, sin rotulaciones en la tapa, o si fuera el caso listo en una placa.
2.Las muestras se reciben ya amplificadas, de lo contrario, deberá consultar previamente al correo
3.El volumen de muestra a entregar dependerá de:
- Si se entrega la reacción completa (lista para cargar en el analizador genético), que incluye los fragmentos de DNA a analizar, marcados con fluoróforos y formamida desionizada. Se debe entregar un volumen total de mínimo 12-15μl.
- Si se entrega únicamente el ADN, es necesario un volumen mínimo de 5-10μl de muestra, además de proporcionar los cebadores marcados.
4.Estará bajo la responsabilidad del solicitante optimizar la PCR con los cebadores correctos marcados. En caso requerido, puede pedir asesoría en el laboratorio, para ello deberá solicitar previamente una cita, y/o solicitar el servicio al laboratorio.
5.Se le solicita al usuario, que envíe a la dirección electrónica
Envío de resultados
1.Los resultados de análisis de fragmentos se entregarán en un tiempo promedio de 5 días hábiles si la reacción de PCR de marcaje se realiza en nuestro Laboratorio. En el caso de que se entreguen las muestras ya listas para cargar en el sistema de CE, los resultados se entregarán en 3 días hábiles, lo cual puede variar de acuerdo con la demanda.
2.Los resultados de los análisis de fragmentos están contenidos en ficheros con extensión ".fsa". Los resultados se envían como archivos adjuntos por email a la dirección de correo electrónico especificada por el usuario en la hoja de solicitud. Cuando el número de archivos sea superior a 12, los resultados se enviarán comprimidos en formato ".zip".