En 1974, el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (CONICIT), formó la Comisión Nacional de Ciencias del Mar y Pesquería, cuyo objetivo fue el de explorar la posibilidad de crear un centro o laboratorio de investigaciones en la zona costera y definir acciones para la coordinación interinstitucional, para lograr un mejor aprovechamiento de las actividades relacionadas con los recursos marinos.
La comisión decidió que Punta Morales presentaba buenos servicios de apoyo, ubicación ideal para estudios en el Golfo y excelentes vías de comunicación.
Gracias a las facilidades otorgadas por la Liga Agrícola Industrial de la Caña de Azúcar –LAICA- (Concesionaria de los terrenos en aquel entonces), en 1980 se finalizó la construcción del Laboratorio de Investigaciones Marinas (LIM), hoy día llamado ESTACION NACIONAL DE CIENCIAS MARINO-COSTERAS (ECMAR). Administrativamente, estuvo inicialmente bajo la tutela del Ministerio de Agricultura y Ganadería y posteriormente de la Universidad de Costa Rica. Finalmente, la Universidad Nacional y el CONICIT, firmaron un convenio en el cual se establecieron las pautas relacionadas con su administración por seis años.
A partir del Convenio firmado en enero de 1996 la UNA cuenta con la Estación Nacional de Ciencias Marino-Costeras en Punta Morales, la cual, desde julio de 1996 ha estado bajo la responsabilidad de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (FCEN). La Facultad de Ciencias Exactas y Naturales se compromete a mantener la política de carácter nacional, poniendo a disposición la infraestructura y la capacidad instalada de la Estación, para la ejecución de programas académicos, disciplinarios e interdisciplinarios vinculados al desarrollo sostenible de la Zona Marino Costera Nacional.
En este sentido, el Consejo Académico de la Facultad, en sesión celebrada el trece de marzo del 2000, considera, entre otras cosas que, al amparo del Convenio firmado para la administración de la ECMAR, la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y la Universidad Nacional han mantenido la política de promover y favorecer la utilización más amplia posible de las instalaciones de la Estación por parte de las instituciones costarricenses y de diversos sectores de la sociedad, relacionados con el desarrollo sostenible e integral de la zona marino-costera; que la ECMAR se ha constituido en el nicho propicio para el desarrollo de la actividad académica institucional, siendo creciente el número de proyectos que tienen en ella su base de operaciones; que para la Universidad es estratégico contar con la ECMAR, estación costera que potencia su presencia en la regiones y su impacto en el desarrollo regional y nacional y que, la ECMAR está cumpliendo con el objetivo de favorecer y fortalecer el desarrollo regional, constituyéndose en un enclave institucional que propicia la acción articulada y coordinada de instituciones y sectores nacionales, en concordancia con el modelo académico y la Misión de la Universidad Nacional.
En el 2004, gracias al buen uso que se le da a la estación, el CONICIT entrega definitivamente mediante donación estas instalaciones a la Universidad Nacional. La Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y la Universidad Nacional mantienen la política de promover y favorecer la utilización más amplia posible de las instalaciones de la Estación por parte de las instituciones costarricenses y de diversos sectores de la sociedad, relacionados con el desarrollo sostenible e integral de la zona marino-costera; gracias a ello, la ECMAR se ha constituido en el nicho propicio para el desarrollo de la actividad académica institucional, siendo creciente el número de proyectos que tienen en ella su base de operaciones; para la Universidad es estratégico contar con la ECMAR, estación costera que potencia su presencia en la región y su impacto en el desarrollo regional y nacional. Posteriormente, en el 2017, la ECMAR pasa a ser dirigida directamente por la Escuela de Ciencias Biológicas, desde donde sigue cumpliendo con el objetivo de favorecer y fortalecer el desarrollo regional, constituyéndose en un enclave institucional que propicia la acción articulada y coordinada de instituciones y sectores nacionales, en concordancia con el modelo académico y la Misión de la Universidad Nacional.