En los últimos años el LHA ha dirigido sus esfuerzos hacia el estudio de los acuíferos del Valle Central, incluyendo el análisis de datos hidrogeológicos y geoquímicos y la evaluación sistemática de ciertos contaminantes como los nitratos, metales, VOCs, entre otros. La parte noroeste del Valle Central es una de las regiones en donde el LHA ha desarrollado proyectos de investigación por más tiempo. Esta región incluye acuíferos altamente utilizados para el abastecimiento humano, como el Barva y Colima.
En esta zona, el LHA ha desarrollado el mapa de vulnerabilidad a la contaminación hidrogeológica para el cantón de Barva, aprobado por el Servicio Nacional de Aguas Subterráneas, Riego y Avenamiento (SENARA); además, se ha elaborado el mapa de amenaza a la contaminación del acuífero Barva y la caracterización hidrogeoquímica del agua subterránea en este acuífero y se ha estudiado proceso de recarga en el acuífero Barva y Colima, con el fin de aumentar el conocimiento acerca del modelo hidrogeológico y así generar herramientas de protección.
Paralelamente, se han llevado a cabo estudios sobre el cambio del uso de suelo desde 1980 hasta el presente mediante el análisis de imágenes satelitales y fotografías aéreas, con el fin de evaluar el efecto de dichos cambios sobre la calidad del agua subterránea. Además, se han diseñado perímetros de protección a pozos y manantiales de abastecimiento público, administrados por ASADAS y municipalidades y se están desarrollando capacitaciones para la elaboración de los Planes de Seguridad del Agua en acueductos de este sector.