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El Museo de Docencia de Zoología se ubica en la planta baja de la Escuela de Ciencias Biológicas, contiguo al Laboratorio de Entomología. En este espacio se resguarda varias colecciones científicas y material para docencia que incluye reptiles (lagartijas y culebras), anfibios, mamíferos (roedores y murciélagos), huellas de mamíferos (marsupiales, carnívoros, cérvidos, artiodáctilos, perisodáctilos y roedores), invertebrados marinos, entre otros. De este material biológico, se debe destacar la colección de roedores depositada por A. Bradley Mc Pherson en 1985 (BRENESIA 23:97-273), la cual representa la evidencia de investigación más importante realizada en Costa Rica sobre biogeografía de roedores. Un espacio adicional, ubicado también en la planta baja resguarda una importante colección de peces marinos, dulceacuícolas y salobres constituida por aproximadamente 5.000 ejemplares. Esta última colección representa el esfuerzo de investigación más importante de generaciones de académicos y estudiantes de la Escuela de Ciencias Biológicas. Además, el museo ofrece especímenes preservados, modelos y láminas fijas a las prácticas de laboratorio de zoología, ictiología, herpetología, mastozoología y otros.